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依据我国法律法规及司法实践，解除非法同居关系，有两种方式：
一、以协议方式解除：
同居是双方自愿选择的一种生活方式。在双方不愿意继续同居时，双方签订解除同居关系协议，就同居期间的财产、债务，甚至包括感情、子女等事项做出妥善处理，虽法律未明文规定可以通过协议解除同居关系，因此种协议未违反法律，可以达到解除同居关系的目的，应该受到法律的保护。但同居毕竟是同居者人生的大事，为了做到稳妥，特别是考虑有关子女抚养、财产分割以及以后再婚等问题，建议同居双方通过诉讼方式解除同居关系。
二、以诉讼方式解除：
一种情况：1994年2月1日《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；只要男女双方补办登记，就按夫妻离婚的规定来处理。
第二种情况：如果未补办结婚登记，按非法同居关系来处理，大体上涉及到以下几个方面：
1、同居期间财产处理：解除非法同居关系时，同居生活期间双方共同所得的收入和购置的财产，按一般共有财产处理。
2、子女抚养：解除非法同居关系时，双方所生的非婚生子女，由哪一方抚养，双方协商；协商不成时，应根据子女的利益和双方的具体情况判决。哺乳期内的子女，原则上应由母方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚养。子女为限制民事行为能力人的，应征求子女本人的意见，一方将未成年的子女送他人抚养，须征得另一方的同意。
3、解除非法同居关系时，一方在共同生活期间患有严重疾病未治愈的，分割财产时，应予适当照顾，或者由另一方给予一次性的经济帮助。
4、同居期间债务：同居期间为共同生产、生活而形成的债权债务，可按共同债权债务处理。
5、继承遗产：同居生活期间一方死亡，另一方要求继承死者遗产，且符合继承法第14条规定的，可以根据扶助的具体情况处理。
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